Az Athénban rendezett 1906-os olimpia rendkívülinek bizonyult, mert szervezői nem tettek eleget a játékok közötti hagyományos négyéves szünet követelményének. Ezért az olimpiát még a Nemzetközi Olimpiai Bizottság sem ismerte el hivatalosan.
Az 1906-os játékokat az első olimpia tizedik évfordulójának emlékére rendezték, amelyet szintén Athénban tartottak. A két esemény kapcsolatának további hangsúlyozása érdekében az olimpia szervezői ugyanazt a versenysémát választották, mint 1896-ban. A versenyeket javarészt a Márvány Stadionban rendezték.
Eleinte, amikor Görögország javaslatot kapott az olimpia megrendezésére 1906-ban, a NOB nem kategorikusan utasította el. Az a tény, hogy addigra az olimpiai játékok presztízse csökkent, és a közvélemény már nem mutatta korábbi érdeklődésüket irántuk. Az olimpiai mozgalom végleges összeomlásának megakadályozása érdekében intézkedéseket kellett hozni, és 1908-ig várni már nem volt lehetőség. És bár a NOB később nem hajlandó elismerni az 1906-os olimpiát, a játékok üdvösségének fogják nevezni, amely lehetővé tette a közönség és különösen a sportolók számára, hogy visszatérjenek az eseményre, támogassák a mozgalmat és annak ötletét.
A nehézséget az is okozta, hogy a hagyományok szerint az olimpiát a világ különböző országaiban kellett megrendezni, de 1906-ban Görögországban tervezték megtartani az eseményt, ami elégedetlenséget okozott a NOB tagjai között. Így vagy úgy, de április 22-én tartották a játékok ünnepélyes megnyitóját. Mivel a média az 1906-os olimpiára koncentrált, sok sportoló és vendég érkezett Athénba.
Az eseményen 20 ország mintegy 900 sportolója vett részt, ráadásul közöttük hét nő is volt. Az 1906-os olimpia részeként a következő sportágakban rendeztek versenyeket: súlyemelés, görög-római birkózás, vívás, evezés, vitorlázás, úszás, búvárkodás, atlétika, csapda- és golyós lövés, kerékpározás és tenisz. Sajnos, mivel a NOB nem ismerte el az 1906-os olimpiát, a résztvevők által kapott összes díj érvénytelen volt, és a jövőben nem vették figyelembe őket.
Az olimpia záróünnepségére május 2-án került sor. A rendezvény befejezése után annak eredményeit sokáig vitatták meg a különböző országokban, ami jelentősen megnövelte a lakosság érdeklődését a játékok iránt. Ez különösen az 1908-as londoni olimpián vált szembetűnővé, amelyen több mint 2000 sportoló vett részt.
